1樓:匿名使用者
找出關鍵位點,選擇相同序列,在其餘位點根據簡併原則隨機插入序列
能不能指點一下簡併引物怎麼設計
2樓:匿名使用者
1 引物應在核酸系列保守區內設計並具有特異性。
引物與非特異擴增序列的同源性不要超過70%或有連續8個互補鹼基同源。
2 產物不能形成二級結構。
某些引物無效的主要原因是引物重複區dna二級結構的影響,選擇擴增片段時最好避開二級結構區域。
3 引物長度一般在15~30鹼基之間。
4 g+c含量在40%~60%之間。
5 鹼基要隨機分佈。
引物中四種鹼基的分佈最好是隨機的,不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不應超 過3個連續的g或c,因這樣會使引物在g+c富集序列區錯誤引發。
6引物自身
引物自身不應存在互補序列,否則引物自身會摺疊成髮夾狀結構牙引物本身復性。這種二級結構會因空間位阻而影響引物與模板的復性結合。若用人工判斷,引物自身連續互補鹼基不能大於3bp。
7引物之間
兩引物之間不應不互補性,尤應避免3′端的互補重疊以防引物二聚體的形成。一對引物間不應多於4個連續鹼基的同源性或互補性。
8 引物5′端可以修飾。
引物的5′端限定著pcr產物的長度,它對擴增特異性影響不大。因此,可以被修飾而不影響擴增的特異性。引物5′端修飾包括:
加酶切位點;標記生物素、熒光、地高辛、eu3+等;引入蛋白質結合dna序列;引入突變位點、插入與缺失突變序列和引入一啟動子序列等。
9 引物3′端不可修飾。
引物的延伸是從3′端開始的,不能進行任何修飾。3′端也不能有形成任何二級結構可能,除在特殊的pcr(as-pcr)反應中,引物3′端不能發生錯配。
10 引物3′端要避開密碼子的第3位。
如擴增編碼區域,引物3′端不要終止於密碼子的第3位,因密碼子的第3位易發生簡併,會影響擴增特異性與效率。
各位大神,求助大神們怎麼設計簡併引物
3樓:匿名使用者
中文名稱:抄簡併引物英文名稱: degenerate primer 定義:
獲得序列未完全清楚的核酸的一種引物設計方案,特點是所設計的引物序列某位置的核苷酸可以分別是兩個或兩個以上不同的鹼基,結果所合成的引物是該位置上不同序列的混合物. 應用學科:生物化學與分子生物學(一級學科);方法與技術(二級學科)
簡併引物是什麼?設計的原則或原理是什麼?**等,急!!!
4樓:匿名使用者
中文bai名稱:
簡併引物du
zhi英文名稱:
degenerate primer
定義:dao
獲得序列未完全清楚的回核酸的一種引物設計方案,特點答是所設計的引物序列某位置的核苷酸可以分別是兩個或兩個以上不同的鹼基,結果所合成的引物是該位置上不同序列的混合物。
應用學科:
生物化學與分子生物學(一級學科);方法與技術(二級學科)
5樓:匿名使用者
簡併引物通俗的講是不完全相同的引物序列的混合物。使用簡併引物是專為了增強引物的通用屬性,即不同dna序列的目的基因都可以用這種引物進行pcr擴增。其定義是為了獲得序列未完全清楚的核酸的一種引物設計方案,特點是所設計的引物序列某位置的核苷酸可以分別是兩個或兩個以上不同的鹼基,結果所合成的引物是該位置上不同序列的混合物。
設計原則是把代表編碼單個氨基酸所有不同鹼基可能性的不同序列等比例混合。反之,如果為了增加特異性,可以參考密碼子使用表,根據不同生物的鹼基使用偏好,減少簡併性。
簡併引物是什麼？設計的原則或原理是什麼
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