第二代高通量測序都有哪些平臺第二代DNA測序技術的操作流程

2021-03-06 23:52:09 字數 5288 閱讀 2008

1樓:上海基研生物

illumina公司的solexa測序平臺,目前主流的型號的hiseq-2500,以及hiseq-2000,資料通量在每張flow cell 300g資料,每次最多可以上2張flow cell,單張flow cell執行時間大約在11天左右。讀長通常是100bp,據說近期有了長度上的突破。還有一個型號是miseq,該機器執行通量較小,但是讀長大約在150bp以上,常用於微生物檢測,而且該型號獲得fda認證,可以進行臨床樣本的檢測。

solexa的錯誤型別主要是顛換。

羅氏454平臺,主要特點是測序長度很長,目前大於1k的測序沒有什麼難度了,比較適合基因組測序,用於搭建基因組框架,也常用於微生物基因組測序。該平臺主要的錯誤型別是插入缺失。

abi的solid平臺,聽說該平臺不在維護了,故而不再描述。

life的ion torrent平臺,目前主要有2種型號,較早的一個型號是pgm,該測序儀原理類似於454測序,與454不同的是,454是化學反應發光進行檢測,而pgm是半導體測序,檢測h離子,如果發生了鹼基互補配對,那麼高能磷酸鍵就會釋放h離子,導致電位變化,從而根據已知加入的鹼基,就可以判斷待測序列是否與已知加入的鹼基發生互補,從而達到測序目的,測序長度可以達到400bp,主要用於微生物的檢測,錯誤型別也是插入缺失錯誤。最新的型號是ionproton,該機器與pgm測序原理一致,但是測序通量由pgm的1g資料上升至10g資料,測序精度也較pgm有大幅度提升,測序時間大約是1天。

pacbio的單分子三代測序,該測序儀最大的特點就是測序長度比454更長,更加有利於基因組的拼接工作,有些較小的微生物可以直接將基因組測通成環狀。

2樓:潛龍9勿用

illumina 的hiseq平臺和miseq平臺;羅氏的454平臺;life的ion torrent平臺。具體的通量、讀長等引數都可以在網上查到。

3樓:烏亞罕

華大基因公司測序平臺

常見二代測序的3種測序方式的共同點有哪些

4樓:植物網

「普通的基因測序

」應該是指「常規dna測序」吧,是用sanger法(也就是雙脫氧法版)進行測序的方法,權目前非常普遍的是直接用abi 3730xl 進行的自動測序,基本上可以做到600bp-800bp的讀長。

高通量測序的概念其實是一個相對的概念,在2023年的時候,3700、megabace等儀器上的測序也是高通量測序,是相對手工測序或者跑平板膠來說的。

不過到2023年以後,高通量測序就改指第二代測序(next generation sequencing),454、solexa(後改為illumina)和solid等第二代測序,比3730等第一代測序的通量提高了成千上萬倍,甚至上億倍,所以稱為高通量測序。

ngs的特點主要有:

1、通量高。一個run能產生500mb-600gb的資料量。

2、讀長相對較短。454(約400-500bp),llumina(100-250bp),solid(75-100)。

3、單位資料的成本非常低。現在很多專案測序的費用。已經非常低。生物資訊分析成本變得更為重要了。

東北三省有哪些公司是做dna測序服務的?主要做sanger測序技術還是用第二代高通量測序技術的? 10

5樓:匿名使用者

美吉生物是專業從事高通量測序服務的,同時也有sanger測序服務,在北專

京有分公司。詳情請見http://****majorbio.***/

希望對屬你有幫助。

第二代dna測序技術的操作流程

6樓:咪浠w眯兮

操作流程如下:

1、測序文庫的構建

首先準備基因組,然後將dna隨機片段化成幾百鹼基或更短的小片段,並在兩頭加上特定的接頭。如果是轉錄組測序,則文庫的構建要相對麻煩些,rn**段化之後需反轉成cdna,然後加上接頭,或者先將rna反轉成cdna,然後再片段化並加上接頭。

2、錨定橋接

solexa測序的反應在叫做flow cell的玻璃管中進行,flow cell又被細分成8個lane,每個lane的內表面有無數的被固定的單連結頭。上述步驟得到的帶接頭的dna 片段變性成單鏈後與測序通道上的接頭引物結合形成橋狀結構,以供後續的預擴增使用。

3、預擴增

新增未標記的dntp 和普通taq 酶進行固相橋式pcr 擴增,單鏈橋型待測片段被擴增成為雙鏈橋型片段。通過變性,釋放出互補的單鏈,錨定到附近的固相表面。通過不斷迴圈,將會在flow cell 的固相表面上獲得上百萬條成簇分佈的雙鏈待測片段。

4、單鹼基延伸測序

在測序的flow cell中加入四種熒游標記的dntp 、dna聚合酶以及接頭引物進行擴增,在每一個測序簇延伸互補鏈時,每加入一個被熒游標記的dntp就能釋放出相對應的熒光,測序儀通過捕獲熒光訊號,並通過計算機軟體將光訊號轉化為測序峰,從而獲得待測片段的序列資訊。

5、資料分析

這一步嚴格來講不能算作測序操作流程的一部分,但是隻有通過這一步前面的工作才顯得有意義。測序得到的原始資料是長度只有幾十個鹼基的序列,要通過生物資訊學工具將這些短的序列組裝成長的contigs甚至是整個基因組的框架,或者把這些序列比對到已有的基因組或者相近物種基因組序列上,並進一步分析得到有生物學意義的結果。

illumina/solexa genome analyzer測序的基本原理是邊合成邊測序。在sanger等測序方法的基礎上,通過技術創新,用不同顏色的熒游標記四種不同的dntp,當dna聚合酶合成互補鏈時,每新增一種dntp就會釋放出不同的熒光,根據捕捉的熒光訊號並經過特定的計算機軟體處理,從而獲得待測dna的序列資訊。

7樓:kyoya六

1)測序文庫的構建(library construction)

首先準備基因組(雖然測序公司要求樣品量要達到200ng,但是gnome analyzer系統所需的樣品量可低至100ng,能應用在很多樣品有限的實驗中),然後將dna隨機片段化成幾百鹼基或更短的小片段,並在兩頭加上特定的接頭(adaptor)。如果是轉錄組測序,則文庫的構建要相對麻煩些,rn**段化之後需反轉成cdna,然後加上接頭,或者先將rna反轉成cdna,然後再片段化並加上接頭。片段的大小(insert size)對於後面的資料分析有影響,可根據需要來選擇。

對於基因組測序來說,通常會選擇幾種不同的insert size,以便在組裝(assembly)的時候獲得更多的資訊。

2)錨定橋接(su***ce attachment and bridge amplification)

solexa測序的反應在叫做flow cell的玻璃管中進行,flow cell又被細分成8個lane,每個lane的內表面有無數的被固定的單連結頭。上述步驟得到的帶接頭的dna 片段變性成單鏈後與測序通道上的接頭引物結合形成橋狀結構,以供後續的預擴增使用。

3)預擴增(denaturation and ***plete amplification)

新增未標記的dntp 和普通taq 酶進行固相橋式pcr 擴增,單鏈橋型待測片段被擴增成為雙鏈橋型片段。通過變性,釋放出互補的單鏈,錨定到附近的固相表面。通過不斷迴圈,將會在flow cell 的固相表面上獲得上百萬條成簇分佈的雙鏈待測片段。

4)單鹼基延伸測序(single base extension and sequencing)

在測序的flow cell中加入四種熒游標記的dntp 、dna聚合酶以及接頭引物進行擴增,在每一個測序簇延伸互補鏈時,每加入一個被熒游標記的dntp就能釋放出相對應的熒光,測序儀通過捕獲熒光訊號,並通過計算機軟體將光訊號轉化為測序峰,從而獲得待測片段的序列資訊。從熒光訊號獲取待測片段的序列資訊的過程叫做base calling,illumina公司base calling所用的軟體是illumina』s genome analyzer sequencing control software and pipeline analysis software。讀長會受到多個引起訊號衰減的因素所影響,如熒游標記的不完全切割。

隨著讀長的增加,錯誤率也會隨之上升。

5)資料分析(data analyzing)

這一步嚴格來講不能算作測序操作流程的一部分,但是隻有通過這一步前面的工作才顯得有意義。測序得到的原始資料是長度只有幾十個鹼基的序列,要通過生物資訊學工具將這些短的序列組裝成長的contigs甚至是整個基因組的框架,或者把這些序列比對到已有的基因組或者相近物種基因組序列上,並進一步分析得到有生物學意義的結果。

高通量測序技術ngs用什麼儀器

8樓:換了好幾個人

「普通的基因測序」應該是指「常規dna測序」吧,是用sanger法(也就是雙脫氧法)進行測序的方法,目前非常普遍的是直接用abi 3730xl 進行的自動測序,基本上可以做到600bp-800bp的讀長。

高通量測序的概念其實是一個相對的概念,在2023年的時候,3700、megabace等儀器上的測序也是高通量測序,是相對手工測序或者跑平板膠來說的。

不過到2023年以後,高通量測序就改指第二代測序(next generation sequencing),454、solexa(後改為illumina)和solid等第二代測序,比3730等第一代測序的通量提高了成千上萬倍,甚至上億倍,所以稱為高通量測序。

ngs的特點主要有:

1、通量高。一個run能產生500mb-600gb的資料量。

2、讀長相對較短。454(約400-500bp),llumina(100-250bp),solid(75-100)。

3、單位資料的成本非常低。現在很多專案測序的費用。已經非常低。生物資訊分析成本變得更為重要了。

什麼是普通的基因測序,它和高通量測序有什麼區別嗎

9樓:邂逅

「普通的基因測序」應該

是指「常規dna測序」吧,是用sanger法(也就是雙脫氧法)進行測序的方法,目前非常普遍的是直接用abi 3730xl 進行的自動測序,基本上可以做到600bp-800bp的讀長。

高通量測序的概念其實是一個相對的概念,在2023年的時候,3700、megabace等儀器上的測序也是高通量測序,是相對手工測序或者跑平板膠來說的。

不過到2023年以後,高通量測序就改指第二代測序(next generation sequencing),454、solexa(後改為illumina)和solid等第二代測序,比3730等第一代測序的通量提高了成千上萬倍,甚至上億倍,所以稱為高通量測序。

ngs的特點主要有:

1、通量高。一個run能產生500mb-600gb的資料量。

2、讀長相對較短。454(約400-500bp),llumina(100-250bp),solid(75-100)。

3、單位資料的成本非常低。現在很多專案測序的費用。已經非常低。生物資訊分析成本變得更為重要了。

第二代基因測序技術的流程分別是什麼,四種,Roche

454測序 dna文庫製備 empcr 上機測序 solexa測序 文庫製備 cluster擴增 邊合成邊測序 solid測序 樣品製備 emulsion pcr和底物準備 測序反應 影象收集 資料分析 這一句兩句能說清楚嗎,逗人玩呢吧 什麼是solexa 測序技術 solexa 高通量測序法原理 ...

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