1樓：亦夢尋遙
3種結局的區別：結局後的劇情不同。前面的故事跟98、新仙劍版一樣，普通結局看完動畫（靈兒與水魔獸同歸於盡，阿奴送別逍遙，逍遙幻想中見到月如抱嬰兒），玩家操作王小虎玩一段無聊的劇情，都是找人的，沒意思，當作2代預告。
觸發靈兒隱藏結局的，結局動畫改了，阿奴送別逍遙後，沒播逍遙幻想中見到月如抱嬰兒，而是夢中的逍遙、靈兒對望，之後進入附加的“幻想中的劇情”（官方說法），操作憶如，玩捉迷藏，仙靈島上見到靈兒。月如隱藏結局的，水底大戰水魔獸拜月合體前，月如出場，4人打最終決戰。結局動畫跟普通結局一樣。
附加的劇情是蜀山掌門李逍遙8年後去林家探月如、憶如，聽聞憶如被捉，逍遙走一趟隱龍窟，發現憶如、月如扮山賊氣逍遙。
3種結局截圖
新仙劍奇俠傳中文版 隱藏結局存檔
趙靈兒隱藏結局簡明手冊
觸發時機：靈兒生產後，收集36只傀儡蟲交給聖姑之前
觸發條件：在一開始的夢境中借劍給土妖
使用說明：在靈兒生產後，聖姑會請李逍遙跑腿去試煉窟拿36只傀儡蟲，如果這個時候，玩傢俱有上述的所有物品；或者收集完36只傀儡蟲回到聖姑家，把傀儡蟲交給聖姑之前。
對靈兒使用青龍碧血玉後：a、聽到一段李逍遙在仙靈島上偷看靈兒洗澡的**；b、調查靈兒顯示：“趙靈兒熟睡的臉龐上洋溢著幸福的笑容……”；c、上述所有物品消失。
一、所許的物品
1、青龍碧血玉、七顆女媧石、糖葫蘆 。
2、玉鐲、繡花鞋、香袋、青絲巾、絲衣。
3、青鋒劍、仙女劍。
4、五毒珠、金罡珠、壽葫蘆。
5、咒符各一：風靈符、雷靈符、水靈符、火靈符、土靈符、天師符。
6、毒蟲各一：蜂巢、赤蠍粉、毒龍砂、化屍水。
7、毒物各一：屍腐肉、蝮蛇涎、纏魂絲、忘魂花、紫罌粟、醍醐香、***。
二、物品的收集與使用（按遊戲程序順序）
1、純陽劍：夢境中，拿到第三個箱子中的神仙茶後，出現土怪，用木劍換下純陽劍借出。
2、風靈符、雷靈符、水靈符、火靈符、土靈符：仙靈島迷宮的神像旁。
3、糖葫蘆：水月宮靈兒房間右下角的燈籠旁（也可在蘇州城當鋪前一商販買到）。
4、香袋、青絲巾、絲衣、仙女劍：靈兒自備（***形蜘蛛精後可得另一件絲衣）。
5、玉鐲、繡花鞋：李大嬸送的包袱（也可在蘇州城，兩婦女圍著的一商販那裡買到）。
6、蜂巢：餘杭村十里坡——戰鬥中，從蜂窩那偷取。
7、蝮蛇涎：隱龍洞——從巨型褐色蝮蛇那偷取。
8、屍腐肉：隱龍洞——木箱，位於第二個“y”字形岔道的左支（另外：黑水鎮廢棄民宅——從殭屍那偷取）。
9、化屍水：隱龍洞內殿——下方屏風右邊的罈子（另外：黑水鎮入口一廢棄藥店內）。
10、忘魂花：隱龍洞內殿——與狐精戰鬥時偷取。
11、毒龍砂：韓醫仙家外左邊桃樹上方。
12、纏魂絲：黑水鎮廢棄民宅區盡頭——有一民宅門口被蜘蛛網封死，進不去，調查蜘蛛網可得。
13、紫罌粟、醍醐香：在鬼陰壇靈兒離開後，開啟木箱得到“煉蠱皿”，可由其它物品煉製：
紫罌粟=贖魂燈+屍腐肉/贖魂燈+蝮蛇涎 醍醐香=贖魂燈+孟婆湯/食妖蟲+碧血蠶
14、青鋒劍：揚州城南酒店右邊的**店——將生鏽鐵劍交給磨刀師傅打造（需要2500文錢），離開揚州城前，取回青鋒劍。
15、***：揚州城——女飛賊房屋右邊城牆牆頭一木箱內。
16、五毒珠：**谷——打敗金蟾鬼母和**精後，調查**精。
17、女媧石：鎖妖塔第一層——有一條土地屬性的龍，反覆進行“偷取--逃跑--遇敵--偷取”（四顆八仙石可煉一金蠶王）。
18、金罡珠、壽葫蘆：桃花林——打敗木道人後得到。
19、赤蠍粉：聖姑家後門——從巨型蠍子那偷取。
20、青龍碧血玉：
（1）獲得：再次來到羅剎洞，開始一段迷宮與夢境相似，可再次遇到土怪，取回純陽劍，得到青龍碧
血玉。（2）使用：收集完36只傀儡蟲回到聖姑家，對靈兒使用青龍碧血玉後：a、聽到一段**；b、調查靈
兒顯示：“趙靈兒熟睡的臉龐上洋溢著幸福的笑容……”；c、上述所有物品消失。 不用擔心啦，等著看隱藏結局吧：）
2樓：
[南紹城]
通過地下迷宮，三人來到南紹城，在南紹大殿上，趙靈兒在大廳與巫王見面，此時拜月教主出現，並使兩手下與三位主角開戰。戰勝兩手下後，趁眾人不鎮，巫王手變成尖刀，插入趙靈兒後背，趙靈兒受重傷。巫王變成樹精，眾人才知道此巫王由樹精變成，真正的巫王已經被拜月教主所殺。
氣憤的李逍遙和阿奴消滅了樹精。阿奴緊跟著給趙靈兒急救，李逍遙衝出大廳，找拜月教主報仇，一會兒阿奴也趕到。趙靈兒奇蹟般復活過來出現在兩主角間。
三人齊心協力打敗了拜月教主。拜月教主不甘失敗，跳入的水池。眾人以為已經勝利時，忽然聽見水底水魔獸的聲音，因此決定下水把水魔獸消滅。
來到水底，遇見了水魔獸，驚奇的發現拜月教主啖食了水魔獸，並與水魔獸結合為一體。三人再次與拜月教主交戰。經過艱辛的鬥爭，終於再次戰勝拜月教主。
趙靈兒在戰鬥中不鎮使背後的傷口裂開，血液流到水中，竟被臨終的拜月教主吸取（趙靈兒流有女媧血統）而得到不死身。拜月教主準備再次對付三人，趙靈兒急忙使用風咒送李逍遙和阿奴上地面。可怕的拜月教主沖塌了地面，掀起了洪水淹沒了南紹城。
阿奴不鎮被捲入水中，李逍遙匆忙潛入水中營救阿奴。趙靈兒使用全身靈力，決定完成孃親未完成的事情，以自己的身體封印拜月教主。戰鬥結束。
夕陽，李逍遙和阿奴站在屋頂，只看見趙靈兒的天蛇杖回到地面，卻不見趙靈兒的身影。李逍遙也要離開阿奴踏上回歸的路。依依不捨的阿奴在山頭吹起送別的笛聲。
迴歸的路上，李逍遙遇見了復活的林月如（這就是聖姑要你找36條傀儡蠱的作用了），正抱著李憶如，等待著李逍遙……
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