1樓:匿名使用者
轉錄組bai測序得資料怎麼判斷dukegg富集顯著性
提取樣zhi品總rna後,用帶有oligo(dt)的磁dao珠富集真核生版物mrna(若為原核生物,則用權試劑盒去除rrna後進入下一步)。加入fragmentation buffer將mrna打斷成短片段,以mrna為模板,用六鹼基隨機引物(random hexamers)合成第一條cdna鏈,然後加入緩衝液、dntps、rnase h和dna polymerase i合成第二條cdna鏈,在經過qiaquick pcr試劑盒純化並加eb緩衝液洗脫之後做末端修復、加a並連線測序接頭,然後用瓊脂糖凝膠電泳進行片段大小選擇,最後進行pcr擴增,建好的測序文庫用illumina hiseq? 2000進行測序。
怎麼知道測序資料是轉錄組還是基因
2樓:匿名使用者
怎麼知bai道測序資料是轉錄組du還是基因zhi
轉錄組學的研究物件包括
daomrna和非編碼內rna等。新一代高通量測序技術可以
容全面快速地獲得特定細胞或組織在某一個狀態下幾乎所有轉錄本的序列資訊和表達資訊,從而準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記(snps或ssr)等生命科學的重要問題。
基因表達譜測序是直接對某一物種或特定細胞在某一功能狀態下產生的mrna進行高通量測序,可以用來研究基因的表達差異情況。該技術結合了轉錄組測序建庫的實驗方法,與轉錄組測序相比,基因表達譜測序要求的讀長更短,測序通量更小,但僅可用於基因表達差異的研究。
轉錄組測序是rna水平測序,相當於dna水平的基因組測序,是一個框架。表達譜主要研究的是基因表達量的變化,上調或下降。先要有轉錄組或是基因組才可以做表達譜,否則沒有ref做參考。
轉錄組測序和表達譜測序其實都是通過高通量測序技術進行的,轉錄組測序主要是針對沒有參考基因組(即基因組未完成測序)的物種,側重於獲得你材料的全部轉錄組資訊;而表達譜則側重於檢測各個基因的表達量。
轉錄測序中的nr,nt,swissprot,cog,kegg,go分別是什麼意思
3樓:匿名使用者
nr庫屬於非冗餘蛋白序列資料庫,是ncbi官方的蛋白序列資料庫,資料**於genpept、swissprot、pir、pdf、pdb以及ncbi refseq,是預設的蛋白比對資料庫。
nt資料庫是美國國家生物技術資訊中心ncbi官方的核酸序列資料庫,nt庫屬於非冗餘核酸序列資料庫,資料**於genbank、embl 以及 ddbj,是ncbi預設的核酸blast比對資料庫。
swissprot資料庫是檢查過的、手工註釋的蛋白資料庫,我們將unigene註釋到swissprot資料庫,以得到更加高質量的註釋結果。
cog (clusters of orthologous groups)主要是原核生物和單細胞真核生物的直系同源物,kog(clusters of eukaryotic orthologous groups)資料庫包含了7個完整基因組的真核生物的直系同源家族蛋白, 構成每個 kog 的蛋白集是被假定為來自於一個祖先蛋白,根據系統發生進行分類,一般cog指原核生物,kog指真核生物,kog與cog提供了相似的基因同源物的分類資訊。
kegg (kyoto encyclopedia of genes and genomes) 是處理基因組、生物通路、疾病、藥物和化學物質之間聯絡的整合資料庫。 kegg用於生物資訊研究等,包括基因組,代謝組學等其他組學的資料分析,涵蓋了drug development(藥物開發)、 cellular processes(細胞過程)、 environmental information processing(環境資訊處理)、ge***ic information processing(遺傳資訊處理)、 human diseases(人類疾病), metaboli**(代謝)、 ***ani**al systems(有機系統)等方面。
go( gene ontology ): 基因本體。生物技術的發展迅速,資料越來越多,不同資料庫命名標準不統一,為了解決不同的生物學資料庫可能會使用不同的術語的問題,從而基因本體聯合會(gene onotology consortium)開發go來描述基因在分子、細胞和組織水平的功能體現。
go的基本描述單元是go terms。go主要包括三個分支: 生物過程(biological processes)、分子功能(molecular function)和細胞組成(cellular ***ponents),用於描述基因產物的功能。
go中使用了is_a、part_of和regulates三種互作關係。
4樓:天馬行空設計
基因組註釋分析主要包括哪些內容
基因組註釋包括以下方面的內容:
(1) 重複序列的**。通過比對已知的重複序列資料庫,找出序列中包含的重複序列,識別型別並轉化為n或者x,統計各種型別重複序列的分佈。
(2) 編碼基因的**。通過將轉錄組或est資料比對到拼接後的基因組序列上,找出編碼基因位置,**編碼基因結構。或者通過專業的外顯子**軟體,**編碼基因的外顯子結構。
(3) 小rna基因的**。通過比對已知的小rna的資料庫,或者通過生物資訊(bioinformation)學軟體**,找出這些小rna基因,並進行分類。
(4) 調控序列和假基因的**。
基因功能的註釋,使用的資料庫包括nt/nr, swissprot/trembl, interpro, kegg, cog, gene ontology等,使用比對的方法,如blast,找出同源相近的基因,並註釋功能。
轉錄組高通量測序後的kegg的通路涉及到多少個基因可以直接用嗎
5樓:匿名使用者
如何利用kegg定位基bai因屬於哪du個代謝通zhi路代謝通路:目前在通路資料庫(pathway database) 中代
dao謝通路是建
內立得最好的,有容大約90個參考代謝途徑的圖形。每個參考代謝途徑是一個由酶或ec號組成的網路。
利用如下方法可通過計算機構建出生物體特有 的代謝通路:
先根據基因的序列相似性和位置相關性確定基因組中酶的基因。
然後合理地安排ec號。
最後將基因組中的基因和參照通路中用ec號編號的基因產物 結合起來。
人類基因組的測序是怎麼進行的？求測序的方法及步驟
如果樓主指的是人類基因組計劃，那時用的方法叫做雙脫氧終止法，也叫做sanger法。它的原理是在dna合成過程中，dna聚合酶能夠使用ddntp 雙脫氧核苷酸 來作為原料，但它的反應會在加入ddntp的時候終止。具體實驗是通過pcr來完成的，但與普通pcr不同，它只需要一個引物而不是一對。在4個相同的...
怎麼判斷一組資料該用中位數，眾數還是平均數表示
比如說123456吧，我們就可以用中位數或平均數表示，而不能用眾數 又如778889999112354，就用眾數表示比較好！宗旨是情況而定！相信你會做出判斷的！例如1 2 3 4 5 6 6 6 7中 6就是眾數 因為6出現的次數最多 這組資料中一共有9位數 而中間的那位數就是中位數 把數有小到大先...
如何判斷兩組資料是否有顯著性差異
在作結論時，應確實描述方向性 例如顯著大於或顯著小於 sig值通常用 p 0.05 表示差異性不顯著 0.01性顯著 p 0.01表示差異性極顯著。顯著性差異是統計學 statistics 上對資料差異性的評價。通常情況下，實驗結果達到0.05水平或0.01水平，才可以說資料之間具備了差異顯著或是極...