怎樣從基因組測序及重測訓序列比對找出突變位置

2021-04-17 22:08:50 字數 2315 閱讀 6278

1樓:諄城季苛

根據你需要知道的片段長度與測序結果出來的片段長度比較,缺失的部分就是gap。另外,可能從測序峰圖也可以看出來,gap序列是沒有訊號的。我的理解是這樣的。

新一代測序中,基因從頭測序和重測序有什麼區別?我要做乙肝病毒dna全長測序,應該選用哪種方法?

2樓:那年丶人已散盡

1、條件不同

從頭測序的條件是不依賴於任何物種基因組;重測序的條件是在已知物種基因組的情況下進行的。

2、病毒變異率不同

從頭測序是通過拼接和組裝的方式獲得基因組序列圖譜,病毒變異率很低;重測序可以尋找出大量的單核苷酸多型性位點,插入缺失位點,結構變異位點,拷貝數變異等變異資訊,從而獲得生物群體的遺傳特徵。病毒變異率很高。

乙肝病毒在醫學上已經測過,只需要做重測序就可以。

3樓:匿名使用者

從頭測序是目前為止還沒有人測過那個物種的全基因組,沒有參考序列進行比對,需要自己組裝拼接後才能知道序列;而重測序是已經有人測過了,只需要重新測序,有參考序列了,只需要與參考序列比對。

乙肝病毒好像是已經測過的,只需要做重測序就可以!

4樓:美吉生物

基因從頭測序也叫做基因de novo測序,是指不依賴於任何已知基因組序列資訊對某個物種的基因組進行測序,然後應用生物資訊學手段對測序序列進行拼接和組裝,最終獲得該物種基因組序列圖譜。

重測序是指在已知物種基因組的情況下,對物種內的不同個體或某個個體的不同組織進行基因組重測序,可以在全基因組水平上發現不同個體或組織細胞之間的差異。通過這種方法,可以尋找出大量的單核苷酸多型性位點(snp),插入缺失位點(indel,insertion deletion),結構變異位點(sv,structure variation),拷貝數變異(copy number variation,cnv)等變異資訊,從而獲得生物群體的遺傳特徵。

病毒變異率很高,一般不用重測序,可以用de novo從頭測序。

5樓:匿名使用者

專業性東西,自己看看這個

資料

全基因組測序 怎麼挑選有意義突變

6樓:楊風遊

首先需要了解基因組測序的作用與意義:通過基因比對了解物種的進化與變異;分析物種的致病基因。這主要是群體遺傳學與比較基因組學的內容。

ncbi提供了不同物種的基因資訊,但提交是否完全?提交完全了是否可靠?顯然即便提交完全也不一定精確,因為不同課題組採用的物種存在地域等多種背景差異,這也是為什麼我國在人類基因組計劃完成之後還要開展「炎黃計劃」等測序工作的原因,現在華大基因又在進行青藏高原藏族人群高原適應關鍵基因的測序與研究,遺傳多型在作怪罷了。

所以無論有無資料提交到ncbi上,你的工作都將是有意義的,關鍵在於資料的比對與分析。

同時要知道全基因掃描方法許多,記得當時我們用的是abi 3730測序儀,自己測。另外樣本的需求量以及有無外來物種干擾等。要和導師多交流,瞭解導師短期與中長期的科研規劃,因為你也許接的是碩士課題,也許是博士課題的一部分前期工作,直接可以延伸到博士階段。

祝研究工作順利開展!

7樓:朝著江河走

跟性狀關聯分析一下,關聯性強再拿出來做驗證

8樓:天涯招角

優選啊。好的留下,不好的甩出。

測序後如何分析基因突變?

如何分析基因測序結果(測序結果,基因,序列,基

9樓:匿名使用者

測序結果與ncbi gene blast~看有沒有突變是不是100%匹配等~

基因組重測序有哪些步驟?每個步驟的目的是什麼

10樓:

這個問題要是能夠完美回答就沒有那麼多國內外生物學家仍在努力奮鬥了。事實上

,全基因測序得到就如一本「天書」,我們還是像以前那樣,比如研究某個基因,任然要做很多實驗,各個層次的,分子的蛋白的,研究基因產物的功能結構,和別的蛋白質的關係,受什麼影響,細胞定位如何(遺傳學和分子生物學)。但是有了基因組測序的方便之處也有很多,比如我們很容易去找到這個基因所在位置,是否有突變,在生信方面可以**其結構、功能,找同源基因,系統發育樹等(生物資訊學),對於低階的模式生物,甚至可以建整個基因組、蛋白組、代謝組的網路(系統生物學),用於研究高通量資料等等。總之,想回答這個問題,得深入學習我上面提到的學科,並研究下現在的科研文獻,才能較為全面的瞭解。

不過看你想知道的深度了。

dna測序為什麼要測整個基因組,DNA測序為什麼要測整個基因組

在基因組研究領域,人們對資料的可信度有一個基本的要求 單個鹼基越準確越好,對單個鹼基的覆蓋深度越多倍越好,對整個基因組測得越完整越好,測序的 缺口 gap 越少越好。新一代測序中,基因從頭測序和重測序有什麼區別?我要做乙肝病毒dna全長測序,應該選用哪種方法?1 條件不同 從頭測序的條件是不依賴於任...

水稻基因組計劃的水稻基因組測序,水稻基因組計劃的意義價值

4 憶江南 白居易 水稻基因組計劃的意義價值 任何一個生物的全基因組序列都蘊藏著這一生物的起源 進化 發育 生理等重要資訊。水稻是全球半數以上人口賴以生存的糧食作物,對於人類生活 糧食安全具有至關重要的意義。研究表明,水稻共有12條染色體,它們記錄著與水稻的高產優質 美味香色以及與生長期 抗病抗蟲 ...

全基因組測序後為什麼還用sanger測序

現在全基因組測序bai用du鳥槍法,把所 有dna打碎zhi成短片段,測出所有dao片段的序列再用回超級計算機進行答 拼接。你說的是老方法,先構建大的長片段文庫,這些長片段互相重疊,能涵蓋全部基因組,即所謂的骨架scaffold。然後在對文庫裡每一個克隆進行亞克隆,應該還進行亞亞克隆,得到可以直接測...